Origem dos compostos nitrogenados:
Sobras de alimentos, produtos da excreção dos peixes, restos de plantas e peixes mortos são desdobrados em amônia por bactérias heterotróficas, num processo chamado amonificação. Grande parte da amônia também se origina diretamente dos peixes, principalmente excretada pelas brânquias. Na seqüência deste processo a amônia, por ação de dois grupos de bactérias autotróficas nitrificantes, é oxidada primeiramente a nitrito e depois a nitrato.

Este último composto é finalmente consumido como nutriente pelas algas e plantas aquáticas. Em ambientes naturais intactos há um completo equilíbrio entre os organismos e os compostos gerados, fazendo com que este ciclo funcione perfeitamente. Sendo os aquários ambientes limitados, normalmente não se tem de forma natural e espontânea o equilíbrio desejado.

O monitoramento dos compostos nitrogenados (amônia, nitrito e nitrato) na água, as rotinas de manutenção, bem como, a montagem e manutenção dos filtros biológicos e mecânicos, são responsabilidade do aquarista. Estas práticas são fundamentais para obtenção de sucesso neste hobby.

Teores elevados de nitrito são tóxicos aos peixes, causam estresse e afetam os glóbulos vermelhos do sangue, reduzindo a capacidade respiratória destes animais. A água do aquário sob tais condições, por um período prolongado, pode provocar a morte dos peixes por asfixia. Níveis adequados de nitrito não significam necessariamente níveis adequados de seu precursor amônia e vice-versa, daí a necessidade de monitoramento das duas variáveis.